Dinamica molecular Informatica

Avances en el diseño de fármacos asistido por computadora – ScienceDirect

El diseño de fármacos asistido por computadora (DIFAC) tiene como objetivos el diseño, optimización y selección de compuestos con actividad biológica. El DIFAC forma parte de un esfuerzo multidisciplinario y tiene numerosas aplicaciones específicas durante el proceso de desarrollo de fármacos. A la fecha ha tenido contribuciones significativas en el diseño de fármacos que se […]

Dinamica molecular Software

Locating Binding Sites in Protein Structures

Paul Labute and Martin SantavyChemical Computing Group Inc.Introduction | Methodology | Results | Summary | References Introduction Active sites in proteins are usually hydrophobic pockets that involve sidechain atoms. It is non-trivial to quantify this rule of thumb. Methods such as [Goodford 1985] or [Miranker 1991] use interaction energies between the receptor and different probes in an […]

bioquimica Dinamica molecular

Nuclear receptors (NRs)

Nuclear receptors (NRs) are evolutionary conserved proteins that are expressed in the animal kingdom. The wide-ranging family of NRs contains more than 150 members that are represented by both steroidal and nonsteroidal receptors and by a multitude of orphan receptors, whose physiologically relevant ligands have not yet been identified. Many of these proteins act, in […]

Dinamica molecular Informatica

caver 3.0 Tunnels and channels

Tunnels and channels facilitate the transport of small molecules, ions and water solvent in a large variety of proteins. Characteristics of individual transport pathways, including their geometry, physico-chemical properties and dynamics are instrumental for understanding of structure-function relationships of these proteins, for the design of new inhibitors and construction of improved biocatalysts. CAVER is a […]

Dinamica molecular

¿Qué sabe Ud. Acerca de… Dinámica Molecular?

Laboratorio de Simulaciones Moleculares Computacionales, Facultad de Ciencias Químicas, BUAP ¿Qué sabe Ud. Acerca de… Dinámica Molecular? What do you know about… Molecular Dynamics? Preguntas 1. ¿Qué es la Dinámica Molecular? 2. ¿Qué tipo de información se requiere para realizar un estudio por Dinámica Molecular? 3. ¿Qué diferencia existe entre la Dinámica Molecular y otros […]

Dinamica molecular

Herramienta web para análisis de Dinámica molecular (DM): Modelo de electroporación de membranas celulares

  La simulación computacional de moléculas o estructuras biológicas es una poderosa herramienta que permite modelar aquellos fenómenos producidos en la experimentación de laboratorio. Las simulaciones in silico son un complemento para analizar los resultados obtenidos por otros métodos ya sea porque permiten simular escenarios que por su escala nanométrica son difíciles de analizar en […]

Dinamica molecular

Mecanica y dinamica molecular clasica

  La dinámica molecular (DM) es una técnica de simulación por computadora en la que se permite que átomos y moléculas interactúen por un período, permitiendo una visualización del movimiento de las partículas. Originalmente fue concebida dentro de la física teórica, aunque hoy en día se utiliza sobre todo en biofísica y ciencia de materiales. […]